การรักษาคลองรากฟันมักจำเป็นต้องทำเพื่อรักษาอาการปวดเนื่องจากการมีฟันผุลึกถึงเนื้อเยื่อประสาทฟัน เพื่อกำจัดการติดเชื้อภายในโพรงประสาทฟัน ซึ่งเป็นสาเหตุของการมีอาการผิดปกติของฟัน เช่น อาการเสียวหรือปวดจากน้ำเย็น น้ำร้อนหรือการกัดเคี้ยว เมื่อมีอาการอักเสบมากจนเนื้อเยื่อประสาทฟันตายอาจมีอาการปวดฟันอย่างมาก แต่ในบางครั้งอาจไม่มีอาการใด ๆ ต่อผู้ป่วยเลยก็ได้ หากทิ้งไว้โดยไม่ได้รับการรักษา การติดเชื้อนี้จะขยายตัวไปที่กระดูกบริเวณปลายรากฟันเกิดเป็นรอยโรค (Lesion) ซึ่งจะเห็นได้ในฟิล์ม X-ray อาจทำให้มีอาการคั่งของหนอง ก่อให้เกิดอาการบวมของใบหน้าและปวดอย่างมาก

 

สภาวะอื่น ๆ ที่อาจต้องมีการรักษาคลองรากฟัน คือการรื้อวัสดุอุดคลองรากฟันที่ไม่ดี มีอาการรั่วซึมของเชื้อโรคเข้าสู่ตัวฟันได้ ในบางครั้งทันตแพทย์อาจเลือกรักษาคลองรากฟันก่อนครอบฟันเพื่อป้องกันปัญหาล่วงหน้า หรือเมื่อมีเนื้อฟันเหลืออยู่ไม่พอเพียงต่อการรักษา ทันตแพทย์ของท่านจะอธิบายสภาพดังกล่าวให้ทราบก่อนการรักษา